Em 6 de maio de 1945, em São Paulo, aconteceu a primeira reunião realizada por um grupo de jovens geocientistas com o objetivo de criar uma sociedade científica de geologia. Estavam presentes: Josué Camargo Mendes, Rui Ribeiro Franco, José Setzer Gutmans, Plínio de Lima, Fernando Flávio Marques de Almeida, Jesuino Felicíssimo Junior, Jordano Maniero, William Gerson Rolim de Camargo e Ruy Osório de Freitas.
A sociedade nascia de uma dissidência da Associação dos Geógrafos Brasileiros, no momento em que sua Diretoria decidiu enquadrar os geocientistas não geógrafos na categoria de sócios colaboradores, sem os mesmos direitos dos sócios efetivos.
Durante o ano de 1945, como consequência dessa reunião, duas circulares foram expedidas para geocientistas, engenheiros de minas e professores de geologia do país. Em 27 de dezembro, foi formalizada a criação da Sociedade. Nessa ocasião, foram escolhidos os primeiros cinco sócios efetivos, aos quais se juntariam mais vinte antes da eleição da primeira Diretoria, que viria a ocorrer quatro meses depois.
O nome da sociedade, que até hoje é mantido, foi também decidido nesse dia. Era o mesmo nome de uma sociedade criada no Rio de Janeiro em 1940, mas que não chegou a se constituir formalmente.